Le BFELTP au Burkina a débuté en Janvier 2010 avec quatre (04) pays que sont le Burkina Faso, le Mali, le Niger et le Togo. La première cohorte qui était composée de douze (12) résidents ont été certifié en Janvier 2012. De 2012 à 2014, il y’a eu une interruption transitoire du master. Cependant, un programme régional s’est mise en place, en 2015, dans une collaboration entre huit ministères de la Santé des pays de francophones de l'Afrique de l'Ouest (Bénin, Burkina Faso, Côte d'Ivoire, République de Guinée, Mali, Niger, Sénégal et Togo), l'Organisation Ouest Africaine de la Santé (OOAS), l'Université́ de Ouagadougou, avec l'assistance technique des Centers for Disease Control and Prevention (CDC ; Centre américain de contrôle et de prévention des maladies), et avec le financement de la Banque mondiale à travers le projet régional de surveillance des maladies en Afrique de l'Ouest (WARDS, West-Africa Regional Disease Surveillance Project).